Le lanceur Ariane 5 ECA aura brûlé ses boosters en un peu moins de 2 minutes et demie et son moteur principal pendant environ neuf minutes pour placer Herschel et Planck sur trajectoire balistique. Après 107 minutes, l'étage supérieur d'Ariane-5 s'allume pendant un peu plus de dix-sept minutes pour injecter les deux observatoires sur des trajectoires de transfert distinctes. Après la séparation, Herschel sera stabilisé trois axes.
Herschel mettra entre quatre et six mois pour atteindre son orbite autour de la L2, le deuxième point de Lagrange du système Terre-Soleil, à 1,5 millions de kilomètres de la Terre. Pendant le voyage Herschel réalisera un certain nombre de manoeuvres.
Après la manœuvre de correction de trajectoire prévue douze jours après le décollage, la phase de la mission commencera et devrait durer quatre ou cinq semaines. Après l'envoi des commandes pour les manœuvres de l'engin spatial, la phase de vérification de performance commencera. Lorsque Herschel arrivera à destination, il sera prêt à commencer ses observations.
Arrivé à L2, Herschel va décrire des orbites de Lissajous autour du point de Lagrange. Ce sont des trajectoires autour d'un point de libration dans un système à deux corps. Elles nécessitent moins d'énergie pour maintenir en station un satellite par rapport à une trajectoire circulaire ou elliptique autour de la Terre.
L'orbite choisie sera d'environ 500 000 kilomètres au-dessus et en-dessous du plan de l'écliptique, avec un maximum d'excursion azimutale d'environ 800 000 kilomètres de part et d'autre du point de Lagrange. Le télescope sera situé entre 1,2 à 1,8 millions de kilomètres de la Terre. Aucune manœuvre d'insertion n'est nécessaire pour atteindre cette orbite. (??? NDLR)
L'orbite sur L2 est dynamiquement instable. Les petits écarts d'équilibre peuvent connaître une croissance exponentielle avec une constante de temps d'environ 23 jours. Herschel va utiliser son système de propulsion pour effectuer des manœuvres d'entretien en orbite environ une fois par mois.
Pourquoi L2 ?Le Soleil, la Terre et la Lune sont des sources de lumière et de chaleur, et c'est pour réduire ces effets que l'on a choisi cette orbite particulière. Les orbites terrestres proches sont éliminés principalement à cause du grand flux thermique, il est extrêmement difficile d'atteindre des températures stables inférieures à 100 K dans le plan focal du télescope. En restant assez proche de la Terre, on aurait pu choisir le point de Lagrange du système Terre-Lune mais le problème est que la Terre ou la Lune seront souvent dans le champ d'observation du télescope.
Le choix optimal de l'orbite, résulte d'un compromis entre la mission et plusieurs contraintes techniques (surtout liées aux télécommunications avec la Terre), et le coût du transfert vers l'orbite Lissajous autour du point de la Lagrange L2 du système Terre-Soleil. À cet endroit, le Soleil, la Terre et la Lune ne gènent pas les instruments de la charge utile.